Die Ausgrabungen von Kotosh liegen in unmittelbarer Nähe zu der schönen im Hochland gelegenen Stadt Huanuco. Mit fast 5000 Jahren zählt Kotosh zu den ältesten Zeugnissen der menschlichen Zivilisation in Peru. Es wurden einige pyramidenartige Hügeln entdeckt. Kotosh wurde am Hochufer des Río Higueras in präkeramischer Zeit (ca. 2500 v.u.Z) aus Feld- und Flußsteinen erbaut. Die Gebäude stehen auf künstlich errichteten Plattformen. In einem kleinen Gebäude (Templo de las Manos Cruzadas) wurde ein aus Lehm und Stein gefertigtes Bildnis von gekreuzten Händen gefunden. Dieses zählt heute zu den ältesten Skulpturen aus dem Andenraum. Die Bedeutung dieser Skulptur ist bis heute unbekannt. Bemerkenswert sind die trapezförmigen Nischen (4000 Jahre vor den Inkas) und die quadratische Vertiefung im Boden des Tempels mit einer Feuerstelle. Es wurden in der Umgebung keine Wohngebäude entdeckt, daher nimmt man an das Kotosh ein heiliger Ort war oder eine Pilgerstätte.